Крім того, вищі навчальні заклади ІІІ – IV рівнів акредитації не підпадають під чинне визначення інноваційних підприємств (стаття 16 Закону України «Про інноваційну діяльність» від 4 лютого 2002 року № 40-IV).
Пільги науково-технічної спрямованості з ПДВ для суб’єктів підприємницької діяльності – замовників науково-технічної продукції – відсутні. «Науковими» пільгами з ПДВ в Податковому кодексі України є:
- звільнення від оподаткування податком на додану вартість оплати вартості фундаментальних досліджень, науково-дослідних і дослідницько- конструкторських робіт особою, яка безпосередньо отримує такі кошти з рахунка Державного казначейства України (пп. 197.1.22). Виходячи з цієї норми, навчальні заклади, що укладають госпрозрахункові угоди з підприємствами щодо проведення наукових досліджень, незалежно від суми договору мають сплачувати до бюджету ПДВ, отриманий від замовників, хоча логічніше було б залишати суму ПДВ у розпорядженні вищого навчального закладу для стимулювання проведення подальших наукових розробок.
Приклад. Вищий навчальний заклад уклав госпдоговірну тему з промисловим підприємством на 48 000 грн з ПДВ.
За умовами діючого законодавства дохід вищого навчального закладу складе 40 000 грн, а сума податкових зобов’язань з податку на додану вартість – 8 000 грн. Якщо передбачити залишення суми ПДВ у розпорядженні вищого навчального закладу, за умови її спрямування на наукові дослідження, то сума доходу вищого навчального закладу складе 48 000 грн;